Při předsednictvu ČLS JEP, z.s. pracují tyto pracovní skupiny:
- Dohodovací řízení k Sazebníku zdravotních výkonů, vedoucí doc. MUDr. Martin Anders, Ph.D.
- Léková politika a kategorizace léčiv, vedoucí prof. MUDr. Jan Švihovec, DrSc
- Rada pro akreditaci klinických laboratoří, vedoucí prof. MUDr. Vladimír Palička, CSc. (Národní autorizační středisko pro klinické laboratoře ČLS JEP, z.s.) www.naskl.cz
- Pracovní skupina pro elektronické zdravotnictví, vedoucí MUDr. Ing. Petr Struk
- Pracovní skupina pro posuzování nevědeckých léčebných a diagnostických metod, vedoucí prof. MUDr. RNDr. Jiří Beneš, CSc.
- Historie ČLS JEP, z.s.
- Akademie lékařské etiky, vedoucí doc. MUDr. PhMgr. Jan Payne, PhD.
- Prevence rizikového chování, vedoucí prof. MUDr. Michal Miovský, Ph.D.
- Pro personalisovanou medicínu, vedoucí - prof. MUDr. Vladimír Palička, CSc.
- Pracovní skupina pro prevenci a léčbu závislosti na tabáku , vedoucí doc. MUDr. Eva Králíková, CSc.