Při předsednictvu ČLS JEP, z.s. pracují tyto pracovní skupiny:

• Dohodovací řízení k Sazebníku zdravotních výkonů, vedoucí doc. MUDr. Martin Anders, Ph.D.
• Léková politika a kategorizace léčiv, vedoucí prof. MUDr. Jan Švihovec, DrSc
• Rada pro akreditaci klinických laboratoří, vedoucí prof. MUDr. Vladimír Palička, CSc. (Národní autorizační středisko pro klinické laboratoře ČLS JEP, z.s.) www.naskl.cz
• Pracovní skupina pro elektronické zdravotnictví, vedoucí MUDr. Ing. Petr Struk
• Pracovní skupina pro posuzování nevědeckých léčebných a diagnostických metod, vedoucí prof. MUDr. RNDr. Jiří Beneš, CSc.
• Historie ČLS JEP, z.s.
• Akademie lékařské etiky, vedoucí doc. MUDr. PhMgr. Jan Payne, PhD.
• Prevence rizikového chování, vedoucí prof. MUDr. Michal Miovský, Ph.D.
• Pro personalisovanou medicínu, vedoucí - prof. MUDr. Vladimír Palička, CSc.
• Pracovní skupina pro prevenci a léčbu závislosti na tabáku , vedoucí doc. MUDr. Eva Králíková, CSc.