Jan Evangelista Purkyně se narodil 18. prosince 1787 v Libochovicích na Litoměřicku jako nejstarší syn Josefa Purkyně, hospodářského úředníka na panství knížat Dietrichsteinů, a Rosalie roz. Šafránkové. Rodina Purkyňů pocházela z Litoměřic. Otec J.E.P. zemřel již roku 1793 ve svých čtyřiceti letech. Měl celkem tři děti: Jana, Emanuela, který brzy zemřel, a Josefa.
J.E.Purkyně chodil nejdříve do školy v Libochovicích, ale díky svému hudebnímu nadání odešel již v jedenácti letech jako choralista do Mikulova na gymnázium, které patřilo katolickému řádu piaristů. V sedmnácti letech po úspěšném ukončení gymnázia vstoupil do piaristického řádu. Tento řád mu dával dobrou příležitost stát se učitelem a věnovat se vědě. Řádové stanovy ukládaly členům přímo za povinnost poskytovat bezplatné vzdělání chudé mládeži a sirotkům. Piaristé přijímali proto do škol i děti evangelického a židovského vyznání, na rozdíl např. od jezuitů. Od těch se lišili i v učebním plánu: od začátku vyučovali matematiku, filozofii a experimentální fyziku, pěstovali rovněž přírodní vědy, hudbu, malbu a cizí řeči. Po ročním noviciátu, který Purkyně strávil ve Staré Vodě u slezských hranic, byl poslán jako učitel do školy ve Strážnici na uherském pomezí.
Po svém odchodu z piaristického řádu vstoupil Purkyně do druhého ročníku studia filosofie na universitě. Živil se jako učitel v různých šlechtických rodinách. Od roku 1810 byl vychovatelem barona Ferdinanda Hildprandta. Ten studoval na hornické akademii ve Štiavnici, kde s ním Purkyně strávil delší dobu. Toto období ještě posílilo Purkyňův zájem o přírodní vědy natolik, že v roce 1814 nastoupil na pražskou lékařskou fakultu. Ze všech oborů se mu stala nejbližší fyziologie. Dokonce plánoval založení zvláštního přírodovědného ústavu v Blatné podle švýcarského vzoru s podporou barona Hildprandta. Nakonec se tohoto plánu vzdal a r. 1818 zakončil svá studia lékařství inaugurační disertací Beiträge zur Kenntnis des Sehens in subjektiver Hinsicht. Spis mu získal mj. přízeň J.W.Goetheho, což mu usnadnilo další kroky ve společenském životě. Do roku 1822 pak Purkyně pracoval jako asistent anatomie u prof. Ilga a Rottenberga v Praze. Neúspěšně se ucházel o profesuru anatomie v Pešti a ve Štýrském Hradci.
Roku 1822 poslal dr. Rust, pruský generální lékař, Purkyňovi dopis, v němž mu oznamoval, že se uvolnilo místo na katedře fyziologie ve Vratislavi. Přestože se o toto místo ucházelo více významných kandidátů, rozhodl se Purkyně zkusit své štěstí a odcestoval do Berlína. Nakonec místo získal za podpory tehdejšího pruského ministra kultury, vzdělávání a zdravotnických záležitostí Altensteina, doktora Rusta, vedoucího pruského vysokoškolského oddělení Schulzeho a berlínského profesora anatomie a fyziologie C.A.Rudolphiho.
Z Berlína Purkyně odcestoval do Výmaru navštívit Goetheho a dále na jeho doporučení navštívil i universitu v Jeně, kde se osobně seznámil s dalšími významnými učenci. Před vánoci 1822 se vrátil do Prahy, a do Vratislavi odešel o velikonocích r. 1823.
Ve Vratislavi nebyl J.E.Purkyně přijat příznivě ani svými kolegy, ani studenty. Všichni nelibě nesli, že na jejich fakultě přednáší učenec z Rakouska, “odkud podle jejich předsudků ničeho dobrého nadíti se nebylo”. Také jeho přednášky, v nichž netradičně nahradil dogmatický přístup experimentálním, byly často předmětem stížností. Avšak během prvních dvou let se Purkyňovi podařilo potlačit nevůli kolegů díky jeho vynikajícím vědomostem a zejména díky vlídnému a skromnému chování.
Svou vratislavskou kariéru zahájil habilitačním spisem De examine physiologico organi visus et systematis cutanei. Jeho odborná autorita byla rok po příchodu do Vratislavi oceněna přijetím do Slezské vlastenecké společnosti (Schlesische Gesellschaft für vaterländische Kultur), učené společnosti, na jejíž půdě přednesl Purkyně do roku 1850 přes 60 sdělení o svých pracích a objevech. V roce 1825 vydal spis Beobachtungen und Versuche zur Physiologie der Sinne, oder Neue Beiträge zur Kenntnis des Sehens in subjektiver Hinsicht, v němž se vrátil k tématu své disertační práce. V následujících letech se cele věnoval plnění svých učitelských povinností a také podnikal experimenty v mnoha oblastech morfologie živočichů i rostlin. Jeho mikroskopické bádání bylo zdokonaleno po roce 1832, kdy se mu podařilo získat “velký” Plösslův mikroskop. Během prvních patnácti let vratislavského období Purkyně publikoval svoje nejvýznamnější objevy a spisy. Z nich nejvyššího ocenění dosáhl spis z r. 1830 De cellulis antherarum fibrosis nec non de granorum pollinarium formis commentatio phytotomica, oceněný Monthyonskou cenou Francouzské akademie. Jako uznávaná vědecká osobnost se Purkyně účastnil sjezdů německých přírodovědců a lékařů v Drážďanech (1826), v Berlíně (1828), ve Vratislavi (1833), v Praze (1837) a v Karlových Varech (1862).
Od samého počátku svého působení ve Vratislavi se Jan Ev. Purkyně snažil zřídit pro fyziologii zvláštní praktický ústav, jaký dosud neexistoval při žádné univerzitě. Zvláště pruské vládě tak chtěl dokázat, jaký přínos by takové praktické ústavy měly pro vědu. Jeho návrh z roku 1831 byl však zamítnut univerzitním kuratoriem jako příliš odvážný. I přes nemalé finanční těžkosti zařídil tedy Purkyně takový ústav ve svém bytě a dal tím svým studentům příležitost pracovat pod jeho dohledem na mikroskopických pozorováních. I v těchto stísněných podmínkách se tak zrodila řada významných objevů a disertačních prací, na nichž Purkyně spolupracoval se svými posluchači. Roku 1836 Purkyně své úspěchy shrnul v dalším spise, který byl projednán na Altensteinově ministerstvu a roku 1839 byl Purkyňovi přidělen nový dům pro fyziologický ústav. Jeho vybavování a zařizování zabralo téměř všechen Purkyňův čas v následujících letech, a proto přestal i spolupracovat na dalších studentských disertacích. Purkyňova vědecká činnost však pokračovala i nadále, své výsledky publikoval jako pojednání v různých periodicích či ve sbornících a knihách jiných autorů.
Horlivá vědecká činnost představovala pro Purkyně i překonání nešťastných událostí v rodinném životě. Purkyně se roku 1827 jako čtyřicetiletý oženil s Julií Rudolphiovou, dcerou berlínského profesora Rudolphiho. Během šťastného manželství se jim v letech 1829 až 1834 narodily čtyři děti: dcery Rosalie a Johanna, synové Emanuel a Karel. Dcery Hanička a Rozárka však zemřely v roce 1832 během epidemie cholery ve Vratislavi, a téhož roku zemřel i Purkyňův tchán C.A.Rudolphi, Purkyňův velký zastánce. V říjnu roku 1834 ztratil Purkyně matku a o tři měsíce později i manželku Julii. Tak obrovská osobní ztráta měla vliv i na Purkyňovy výzkumy.
Ačkoli po počátečních obtížích začal Purkyně ve Vratislavi i v zahraničí docházet velkého uznání pro svou práci, nepřestal nikdy toužit po návratu do vlasti. Stal se tak ve Vratislavi centrem slovanského národního života. Do německých periodik přispíval referáty o českém i slovanském písemnictví. V roce 1832 nalezl ve Vratislavi rukopis kroniky Přibíka Pulkavy z Radenína, v roce 1839 v Olešnici český žaltář. Dvakrát též navštívil Lešno, kde zhlédl rukopisy J.A.Komenského a archivní památky Jednoty bratrské. Pořídil soupis bohemik v knihovnách Německa a založil ve Vratislavi Towarzystwo literacko- słowanskie. Do češtiny přeložil básně Schillerovy a Tassův Osvobozený Jeruzalém, rovněž pořídil polský překlad Čelakovského Ohlasu písní českých. Ve svých aktivitách týkajících se rozvoje slovanské kultury byl dále podpořen v roce 1842, kdy do Vratislavi jako profesor slovanských literatur přišel právě František Lad. Čelakovský. Roku 1848 se Purkyně účastnil Slovanského sjezdu v Praze a při té příležitosti byl jmenován doktorem filozofie honoris causa pražské univerzity.
Za veškerý svůj přínos pruskému státu byl Purkyně roku 1842 vyznamenán pruským řádem Červeného orla 3.třídy.
Příležitost k návratu do Prahy se Purkyňovi naskytla již v roce 1835, kdy se uvolnilo místo přednášejícího anatomie na pražské univerzitě. Purkyňovou podmínkou však bylo, aby mu do univerzitní praxe byla započtena i léta strávená v cizině. Jelikož ministerstvo odmítlo Purkyňovi tuto výjimku udělit, musel zůstat ve Vratislavi až do roku 1850, kdy byl spolu s Čelakovským povolán do Prahy a v letním semestru začal přednášet fyziologii.
Prvním Purkyňovým pražským záměrem bylo zřízení samostatného ústavu fyziologie, tak jak se mu to podařilo před jedenácti lety ve Vratislavi. Toho dosáhl již na podzim roku 1851, kdy mu byla přidělena budova ve Spálené ulici. (Po Purkyňově smrti byl ústav zrušen a dům kolem roku 1930 zbořen.) Další jeho snahou bylo pěstování studia přírodních věd v českém jazyce. K tomuto cíli směřovalo i vydávání českého přírodovědného časopisu Živa, který Purkyně redigoval spolu s prof. Krejčím. Živa vycházela od roku 1853, kdy ji Purkyně prosadil navzdory tuhé bachovské reakci, do roku 1864. Přispíval i do Časopisu Českého musea a řadí se mezi autory řady článků ve Slovníku naučném, redigovaném F.Riegrem. Purkyně působil rovněž v mnoha učených společnostech českých i zahraničních, byl předsedou Spolku českých lékařů, místopředsedou Umělecké besedy, předsedou přírodovědeckého odboru Českého muzea, členem Královské české společnosti nauk a mnoha dalších. V letech 1861-1866 byl Purkyně poslancem Českého sněmu za okres velvarsko-slanský.
Na universitě pražské Purkyně přednášel až do svých osmdesáti let. Když chtěl odejít na odpočinek v roce 1865, podali mu posluchači lékařství adresu, v níž ho žádali o setrvání v učitelském úřadě. I ve vysokém věku byl stále mladicky svěží a čilý, což se odrazilo i v jeho bádáních.
V roce 1863, v roce 1000. výročí založení ruské říše, byl Jan Evangelista Purkyně jmenován rytířem sv. Vladimíra 3. třídy. Roku 1866 se stal doktorem lékařství h.c. vídeňské univerzity. V roce 1867 byla u příležitosti Purkyňových 80. narozenin ražena pamětní medaile V.Seidana. Její variantu vydala pražská lékařská fakulta roku 1868 při příležitosti 50. výročí Purkyňova doktorátu. V tomtéž roce byl Purkyně vyznamenán pruským řádem Červeného orla 2. třídy a rakouským rytířským řádem Leopoldovým.
V dubnu 1868 náhle zemřel Purkyňův mladší syn, malíř Karel Purkyně. Koncem roku se velmi zhoršil i Purkyňův zdravotní stav.
Po delší nemoci Jan Evangelista Purkyně zemřel v Praze dne 28. července 1869.
